Tratado de Lisboa. Dicha estructura institucional estaba compuesta por los conocidos tres pilares de la Unión Europea: el primer pilar era el pilar comunitario, que correspondía a las tres comunidades (la Comunidad Europea, la Comunidad Europea de la Energía Atómica y la antigua Comunidad Europea del Carbón y del Acero); el segundo era el pilar correspondiente a la política exterior y de seguridad común, que estaba regulada en el título V del Tratado de la Unión Europea; y el tercero era el pilar correspondiente a la cooperación policial y judicial en materia penal, cubierta por el título VI del Tratado de la Unión Europea. El 1 de mayo de 2004 tuvo lugar la mayor ampliación que se ha dado en la Unión Europea, con la entrada de 10 nuevos miembros de Europa oriental: Estonia, Letonia, Lituania, Polonia, República Checa, Hungría, Eslovaquia, Eslovenia, Malta y Chipre. Como se indicaba con anterioridad salvo la Clasificación para la Eurocopa 2008, donde solo se clasificaron directamente los dos primeros de los siete grupos que conformaban la fase clasificatoria, unidos a los dos anfitriones; en el resto de ediciones se ha consolidado la fase de eliminatorias o play off para los segundos o terceros clasificados e incluso para otros puestos como la edición de 2020. De este modo, en la Clasificación para la Eurocopa 2004 se contó con diez primeros clasificados de cada grupo y un play off entre los diez segundos, y por su parte la Clasificación para la Eurocopa 2016 con la clasificación directa de los dos primeros de cada grupo más el mejor tercero.
Más tarde, el 29 de octubre de 2004 se firmó en Roma el tratado constitucional. 25 de marzo de 2007 (en el 50.º aniversario de la firma de los Tratados de Roma) los líderes europeos pusieron fin formalmente al «período de reflexión» con la firma de la Declaración de Berlín. Sin embargo, la labor de la unión fue ensombrecida por la crisis presupuestaria en marzo de 1999. El Parlamento se negó a aprobar a la Comisión de 1996 el presupuesto de la Comunidad por motivos de mala gestión financiera, fraude y nepotismo. Es así que el antiguo Tratado de Bruselas de 1948 es modificado para crear la Unión Europea Occidental (UEO) que fue hasta la entrada en vigor del Tratado de Ámsterdam en 1999 la única organización del continente encargada de la defensa y la seguridad europea. En 1999, entró en vigor el Tratado de Ámsterdam que recogía los principios de libertad, democracia y respeto a los derechos humanos, incluyendo explícitamente el principio de desarrollo sostenible. El Tratado de Lisboa, que entró en vigor el 1 de diciembre de 2009 también hizo que la Carta de los Derechos Fundamentales de la Unión Europea fuese jurídicamente vinculante para los Estados miembros.
La carta no forma parte del Tratado de Lisboa (estaba previsto que formara parte de la Constitución Europea, pero al no aprobarse esta, se modificó la previsión), pero por la remisión en el artículo 6 del Tratado de la Unión Europea tras la reforma de Lisboa se hace vinculante para todos los estados. Con este tratado también se decidió la creación de una moneda única europea, el Euro, que entraría en circulación en 2002 bajo control del Banco Central Europeo. Entre tanto, con el fin de dotar a la Comunidad de una sede central, Schuman y Adenauer promueven el llamado «Estatuto del Sarre», que es rechazado por la población local, en un referéndum. Mientras tanto, en 2002, se extinguió la CECA tras finalizar su periodo de validez (50 años), y su ámbito de actuación quedó englobado en el de la Comunidad Europea. En la primavera de 1951, se firma en París el Tratado que institucionaliza la Comunidad Europea del Carbón y del Acero (CECA), concretando la propuesta de Schuman. Sin embargo, eventualmente estas crisis estarían contribuyendo a consolidar una transformación en la memoria colectiva sobre la construcción europea, especialmente en lo que se refiere al relato europeo surgido de la posguerra de la Segunda Guerra Mundial.
Al comenzar el proceso de construcción europea, ante la dificultad de generar simpatía en una bandera europea, una historia compartida u otros símbolos, los padres fundadores y sus sucesores optaron por implantar un proyecto asentado más en lo práctico que en lo afectivo. Entre tanto los gobiernos estadounidenses de Donald Trump (2017-2021) y Joe Biden (2021-actualidad), asumieron una postura de relativa ruptura respecto a la UE, lo que ha generado una «pérdida de confianza» en la relación bilateral dentro de la clase política y la opinión pública en la UE. Con el tiempo, se ha convertido en uno de los países más ricos de estas, con un gran crecimiento en el sector de los servicios financieros, facilitado por la estabilidad política y la integración europea. Por este tratado, las competencias comunitarias son ampliadas a los dominios de la investigación y el desarrollo tecnológico, medio ambiente y política social. Sin embargo, varios líderes europeos aspiran a dotar a la UE de las capacidades militares que consideran necesarias para garantizar su defensa en pos de conseguir la autonomía estratégica. Dicha autonomía suele vincularse a la defensa, pero podría ir más allá, teniedo en cuenta que a nivel internacional las capacidades económicas y tecnológicas han ganado relevancia.